Điều 29 Nghị định số 201/2013/NĐ-CP quy địnhcơ quan tiếp nhận và quản lý hồ sơ, giấy phép (sau đây gọi chung là cơ quan tiếp nhận hồ sơ) bao gồm:
1. Cục Quản lý tài nguyên nước thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường có trách nhiệm tiếp nhận, thẩm định và quản lý hồ sơ, giấy phép thuộc thẩm quyền cấp phép của Bộ Tài nguyên và Môi trường.
2. Sở Tài nguyên và Môi trường có trách nhiệm tiếp nhận, thẩm định và quản lý hồ sơ, giấy phép thuộc thẩm quyền cấp phép của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh.